<link rel="shortcut icon" id="favicon_id" href="Ссылка на Favicon">

<script>
setTimeout(function() {document.getElementById('favicon_id').href='Второе изображение.gif'}, 1000)
setTimeout(function() {document.getElementById('favicon_id').href='Третее изображение.gif'}, 2000)
setTimeout(function() {document.getElementById('favicon_id').href='Четвертое изображение.gif'}, 3000)
setTimeout(function() {document.getElementById('favicon_id').href='Последнее изображение.gif'}, 4000) }
</script>